來源：生物通       時間：2021-02-18

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       Oxford Nanopore公司近日在用戶大會上介紹了其納米孔測序技術(shù)的許多關(guān)鍵進展。具體包括PromethION測序芯片的產(chǎn)量創(chuàng)下新紀(jì)錄，使用新試劑后原始序列的準(zhǔn)確性達到99.1%，以及自動化的樣本制備等。 

      準(zhǔn)確性進一步提高 

       Oxford Nanopore最近發(fā)布了一種新的分析算法Bonito CRF，可提高single read堿基識別的準(zhǔn)確性。Bonito經(jīng)過了更大型、更多樣化數(shù)據(jù)集的培訓(xùn)，可以提供更好的性能。利用Bonito CRF，Oxford Nanopore在使用現(xiàn)有測序試劑時獲得了98.3%的single read準(zhǔn)確性，而它的客戶也報告了>98%的single read準(zhǔn)確性。 

       高的single read準(zhǔn)確性，自然支持更高的共有序列準(zhǔn)確性（即一個分子被多次測序）。在使用優(yōu)化的分析工具后，包括Guppy/Bonito的堿基識別、Canu/Flye的組裝和Medaka的打磨（polishing），R9.4.1芯片的準(zhǔn)確性達到Q45，而R10.3芯片達到Q50。同時，變異檢出的性能也在改善。30倍覆蓋度下的結(jié)構(gòu)變異準(zhǔn)確性已達到96%。  

      此外，利用一種正在開發(fā)的測序試劑，Oxford Nanopore近日報告稱原始序列的眾數(shù)準(zhǔn)確性達到99.1%（99% = Q20），并通過內(nèi)部驗證數(shù)據(jù)集進行了驗證，其中大部分原始序列高于Q20。 

       產(chǎn)量創(chuàng)下新高  

      2020年11月，Oxford Nanopore開始發(fā)售在產(chǎn)量和穩(wěn)定性上經(jīng)過改進的PromethION測序芯片。有了這些改進，使用48張芯片的單次PromethION運行創(chuàng)下了10 Tb產(chǎn)量的新紀(jì)錄，較之前的記錄提高了25%。在此次運行中，每張測序芯片產(chǎn)量的中位數(shù)為208 Gb，相當(dāng)于30倍覆蓋度下的兩個人類基因組。  

      12月，領(lǐng)先的高通量測序服務(wù)提供商百邁客報告稱，單張PromethION測序芯片R9.4.1獲得了178 Gb的高產(chǎn)數(shù)據(jù)，產(chǎn)量較之前提升近兩倍。R10芯片的單張芯片測序數(shù)據(jù)量也達到了80 Gb。 

     今年1月，領(lǐng)先的測序服務(wù)商諾禾致源（Novogene）在一張PromethION測序芯片上生成了245 Gb納米孔測序數(shù)據(jù)，創(chuàng)下了在PromethION平臺上進行納米孔測序的單張芯片最高記錄，N50為18.2 kb。 

        自動化的樣本制備 

      隨著在生產(chǎn)規(guī)模的環(huán)境中使用納米孔測序的用戶數(shù)量不斷增加，Oxford Nanopore在2020年一直致力于開發(fā)自動化的解決方案，方便用戶運行大批量樣本、開展更大型的項目，或?qū)崿F(xiàn)日常工作流程的自動化。  

       Oxford Nanopore與Hamilton公司合作，在其DNA文庫制備工作站NGS STAR 96上實現(xiàn)文庫制備流程的自動化。合作發(fā)布的首個實驗方案只需5小時即可制備96個樣本，其中手動時間僅為1小時。一次自動化制備可滿載兩臺PromethION 48測序儀，實現(xiàn)經(jīng)過高度驗證的樣本制備和高產(chǎn)量測序。 

       Oxford Nanopore還與Opentrons公司合作，為MinION或GridION用戶提供中型實驗室自動化方案。Opentrons的自動化液體處理機易于使用，結(jié)構(gòu)緊湊，每天可支持2500份LamPORE快速新冠檢測，同樣也適用于未來基于PCR擴增的應(yīng)用。 

       在小規(guī)模方面，VolTRAX自動制備儀也在2020年取得了眾多進展，包括開發(fā)了可進行PCR的耗材管設(shè)計，將與現(xiàn)有的測序和混樣建庫試劑盒一起推出。（生物通 薄荷）