來(lái)源：生物通        時(shí)間：2020-05-09

       單細(xì)胞RNA測(cè)序（RNAseq）可以準(zhǔn)確地揭示每個(gè)細(xì)胞中打開(kāi)的基因，揭示不同細(xì)胞類(lèi)型和它們的作用。將多個(gè)人的細(xì)胞匯集到一個(gè)單細(xì)胞RNAseq實(shí)驗(yàn)中，有助于確定不同的基因組如何影響這種基因表達(dá)。但是，問(wèn)題的難點(diǎn)在于必須能夠從中分離屬于不同個(gè)體的數(shù)據(jù)。

       本周，《Nature Methods》提供了一款名為Souporcell的軟件，作者在論文中比較了Souporcell和其他三款計(jì)算軟件，并對(duì)胎盤(pán)細(xì)胞、多能干細(xì)胞系和瘧原蟲(chóng)進(jìn)行了測(cè)試。

       來(lái)自Wellcome Sanger研究所的第一作者Haynes Heaton說(shuō)：“我們的方法叫做Souporcell，它能夠在不事先知道每個(gè)個(gè)體全基因組序列的情況下，在scRNAseq實(shí)驗(yàn)中分離混合在一起的個(gè)體細(xì)胞，這與以前的方法不同。該方法的一個(gè)關(guān)鍵特點(diǎn)是，它可以估計(jì)來(lái)自死亡細(xì)胞的背景RNA（soup）的數(shù)量。這樣就可以消除噪聲源，因此也就有了Souporcell這個(gè)名字?！?/span>

      將組合細(xì)胞融入同一個(gè)實(shí)驗(yàn)，可以提高準(zhǔn)確性，獲得更多的信息，同時(shí)也降低了這些實(shí)驗(yàn)的成本。

       資深作者M(jìn)artin Hemberg博士說(shuō)：“每個(gè)人的確切基因序列或多或少都會(huì)影響他們對(duì)感染或藥物治療的反應(yīng)。新方法可以分析多人的單細(xì)胞表達(dá)數(shù)據(jù)，在疾病和藥物存在的情況下，顯示基因型和表型之間的聯(lián)系，這將對(duì)個(gè)性化醫(yī)療產(chǎn)生影響?！?/span>

      此外，一些樣本本身就是含有不同基因組的細(xì)胞混合體，例如來(lái)自移植患者的樣本，里面含有患者的原始細(xì)胞和來(lái)自捐贈(zèng)者的細(xì)胞；或來(lái)自被瘧疾感染的患者寄生蟲(chóng)種群。

      Mara Lawniczak博士說(shuō)：“這種方法有助于我們了解瘧疾。人們通常一次感染多種瘧疾株，但我們不知道這些病株是如何相互競(jìng)爭(zhēng)繁殖的。要回答這個(gè)問(wèn)題，我們必須能夠分離出含有不同瘧疾株的細(xì)胞，Souporcell的出現(xiàn)使之成為可能?！?

      這種全新的分配供體的計(jì)算方法可以幫助研究不同人群的遺傳變異如何影響感染或藥物反應(yīng)期間表達(dá)的基因。軟件免費(fèi)下載地址： https://github.com/wheaton5/souporcell

       原文檢索：Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes （文章來(lái)源：生物通     伍松）